Ngày 10 tháng 12 năm 2008, Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã ký Quyết định số 1674/QĐ-BKH về việc thay đổi tổ chức một số đơn vị thuộc Bộ Kế hoạch và Đầu tư, cụ thể như sau:
1. Đổi tên Vụ Thương mại và dịch vụ thành Vụ Kinh tế dịch vụ;
2. Đổi tên Vụ Quản lý Khu công nghiệp và khu chế xuất thành Vụ Quản lý các khu kinh tế;
3. Đổi tên Vụ Thẩm định và giám sát đầu tư thành Vụ Giám sát và thẩm định đầu tư;
4. Đổi tên Thanh tra thành Thanh tra Bộ;
5. Đổi tên Văn phòng thành Văn phòng Bộ;
6. Đổi tên Cục Phát triển doanh nghiệp nhỏ và vừa thành Cục Phát triển doanh nghiệp;
7. Cục Quản lý đấu thầu được tổ chức trên cơ sở Vụ Quản lý đấu thầu;
8. Vụ Thi đua - Khen thưởng được tổ chức trên cơ sở Phòng Thi đua - khen thưởng thuộc Vụ Tổ chức cán bộ;
9. Vụ Quản lý quy hoạch được tổ chức mới trên cơ sở chuyển giao nhiệm vụ, nhân sự từ Viện Chiến lược phát triển và các đơn vị liên quan thuộc Bộ.